Setelah Makoto Naegi dan rekan-rekannya yang selamat melarikan diri dari Hope's Peak Academy ke dunia luar, mereka segera bergabung dengan Future Foundation, sebuah organisasi yang didedikasikan untuk memerangi keputusasaan. Tepat ketika semua tampak melihat ke atas, Naegi ditangkap dan diadili karena pengkhianatan karena membela kelompok Remnants of Despair yang jahat.

Berdiri di depan semua eksekutif Yayasan Masa Depan, dia mendapati dirinya, bersama dengan Kyouko Kirigiri dan Aoi Asahina-san, menghadapi nasib yang tidak diketahui. Masalah yang ada hanya meningkat ketika keamanan organisasi yang seharusnya tidak dapat ditembus diretas oleh wajah yang dikenalnya: Monokuma.

Sangat ngeri Naegi, beruang mekanik segera mengumumkan awal dari permainan pembunuhan baru, karena beberapa saat kemudian, korban pertama muncul sebagai sinyal keputusasaan untuk melanjutkan penaklukan brutalnya. Dalam kesimpulan dari kisah harapan dan keputusasaan Danganronpa yang mencekam, Naegi, Siswa Keberuntungan Tingkat Sekolah Menengah Atas, sekali lagi harus mengungkap misteri ketika rekan-rekan dan teman-temannya mulai jatuh di sekelilingnya.

Namun, tidak ada lagi uji coba kelas; di antara 16 peserta yang putus asa, hanya ada satu pembunuh—dan kematian mereka berarti akhir dari permainan neraka ini. [Ditulis oleh MAL Penulisan Ulang]

Catatan: Sinopsis diterjemahkan secara otomatis oleh Google Translate.